Федеральное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Калининградской области» образовано на базе центров Госсанэпиднадзора в Калининградской области и функционирует с марта 2005 года. Учреждение входит в единую федеральную централизованную систему органов и учреждений Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.